【摘 要】
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猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV)是黄病毒科瘟病毒属成员,分析这3种病毒多聚蛋白酶基因密码子使用特点,初步探讨3种病毒的多聚蛋白酶基因进化及对
【基金项目】
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新疆兵团国际科技合作计划项目(2012BC006);农业公益行业专项子课题(201303037-5)
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猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV)是黄病毒科瘟病毒属成员,分析这3种病毒多聚蛋白酶基因密码子使用特点,初步探讨3种病毒的多聚蛋白酶基因进化及对不同宿主的适应策略。本文运用EMBOSS软件的CHIPS和CUSP程序及CodonW在线分子生物学软件对有效密码子数(ENc)、碱基GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、相对同义密码子使用度(RSCU)进行分析。结果显示,CSFV、BVDV、BDV多聚蛋白基因的ENc值分别为51.205,52.323,52.580,表明3种病毒的多聚蛋白基因的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成(GC含量)及ENc值差异较小;碱基组成对密码子使用影响较小;同时ENC绘图分析(Nc-plot)结果也证明这一点,为进步一研究3种病毒对宿主的适应策略奠定了基础。
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