论文部分内容阅读
目的了解引起中国人群高苯丙氨酸血症(HPA)相关基因突变的特征及突变谱,并优化基于多色熔解曲线分析(MMCA)技术的HPA基因突变筛查试剂。方法本实验室自2013年以来,与"北京大爱天使苯丙酮尿症罕见病关爱中心"和"WHO遗传病社区控制合作中心"联合开展公益研究项目"轻吻一刻:中国PKU突变谱"的研究。通过该项目,收集了来自全国各地高苯丙氨酸血症家系570例共1773份唾液样本,其中PAH缺乏症家系526例,BH4缺乏症家系44例。采集的唾液样本经DNA提取后,根据临床信息分类后,采用相应的MMCA检测体系进行筛查,只筛查1个突变或未检测到突变的患者再采用Sanger测序对相关基因外显子及临近的内含子区进行测序,并进一步对未测到2个突变位点的患者用多重连接依赖式探针扩增(MLPA)技术进行PAH基因大片段缺失进行检测(图1)。最后,根据突变谱的筛查结果对MMCA体系的覆盖位点进行调整,使其对PAH及PTS基因突变覆盖率均大于90%。结果 526例PAH缺乏症患者的1052个等位基因中检出972个点突变等位基因和42个大片段缺失等位基因,总检出率为96.4%;其中492例检测出含2个等位基因突变,30例含1个等位基因突变,4例未检出突变;共检测出136种PAH基因突变,其中129种为点突变, 7种为大片段缺失突变,并发现8种BIOPKU数据库(http://www.biopku.org/home/biopku.asp)中尚未报道的突变,分别为c.121124delCTCA、 c.302A>T、 c.376C>T、 c.442-2A>G、 c.631C>T、c.843-16-8delGCTTTCTGT、c.11771179delAAT和c.1256delA;所检出的突变中,c.728G>A突变频率最高,检出率为20.9%,其次是c.611A>G(7.3%)、c.721C>T(6.1%)、c.1068C>A(5.60%)、c.1238G>C(5.5%)、c.331C>T(5.4%)、c.1197A>T(5.4%)和c.442-1G>A(5.1%);有三例患者的等位基因与双亲不符合孟德尔遗传规律,亲子鉴定结果表明,这三例患者的一个等位基因产生了de novo突变;对4例未检出突变的患者及进行DNAJC12基因全外显子测序,发现1例患者2个等位基因均产生突变(c.182delA/c.131A>G),1例患者1个等位基因含有c.182delA突变。44例BH4缺乏症的88个等位基因中检出86个突变等位基因,总检出率为97.7%;其中42例检测出含2个等位基因突变,2例含1个等位基因突变;共检测出18种PTS基因突变,包括6种文献中未报道的突变,分别为c.1A>G、c.1-249del33、c.35C>A、c.83G>A、c.243+1G>T和c.244-2A>T;所检出的突变中,c.259C>T突变频率最高,检出率为33.7%,其次是c.286G>A(12.8%)、c.272A>G(11.6%)、c.84-291A>G(10.5%)和c.200C>T(5.8%)。最后,通过对MMCA体系的优化调整,最终建立的体系可覆盖PAH基因大于90种突变,包括10种大片段缺失突变,覆盖前述PAH突变等位基因的93.3%;可覆盖PTS基因大于20种突变,覆盖前述PTS突变等位基因的90.7%。结论本研究丰富了中国人群HPA相关基因突变谱,所建立的MMCA检测体系对PAH和PTS基因具有较高的突变覆盖率,可以用于临床上HPA患者基因突变进行快速筛查。