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新型合作医疗基金是重要的民生专项资金.本文作者从新型农村合作医疗基金审计的现状出发,在充分肯定目前新型农村合作医疗基金审计成绩的基础上,从法规体系建设、审计方式、审计内容、审计手段、审计力量5方面分析新型农村合作医疗基金审计实践面临的问题,提出以联网手段为科技支撑、实施跟踪审计是新型农村合作医疗基金审计发展的必然方向;作者结合目前新农合计算机审计的发展状况,针对联网审计要解决的几个问题提出建议.加强法制建设，完善法律基础，定期实施信息系统审计，完善技术基础，注重对资金安全性审计，注重同其他社保基金审计相结合，要注重对计算机审计程序、方法的构建，委托商业保险公司代管模式，相关部门直接管理模式。