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参照己报道的鱼类线粒体基因序列，通过PCR扩增与测序，获得了全长为16627 bp的尼罗罗非鱼线粒体基因组全序列，共编码13种蛋白质基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因和1段控制区序列.H-链碱基组成具有明显的AT偏向性.由H-链编码的蛋白质基因在第三位密码子上相对于前两个密码子具有一定的G排斥性.L-链编码蛋白质基因在碱基组成上与H-链编码基因存在差异.编码基因除COI以GTG作为起始密码子外，其它均以ATG起始.