【摘 要】
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目的:全基因组关联分析(GWAS)研究所鉴定的肿瘤相关的SNP几乎都处于非基因编码区域,并且尚难以评判这些SNP可能的功能及其影响.有些SNP处于基因的增强子区域,进而会影响靶
【机 构】
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中国医学科学院基础医学研究所分子生物学国家重点实验室芝加哥大学人类遗传学系,基因组学和系统生物学研究所
【出 处】
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第四届吴宪吴瑞国际学术研讨会、第九届全国医学生物化学与分子生物学、第六届全国临床应用生物化学与分子生物学联合学术讨论会
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目的:全基因组关联分析(GWAS)研究所鉴定的肿瘤相关的SNP几乎都处于非基因编码区域,并且尚难以评判这些SNP可能的功能及其影响.有些SNP处于基因的增强子区域,进而会影响靶基因的表达.我们想通过检测肿瘤相关SNP所在区域的增强子活性来系统性的鉴定具有调节功能的SNP.方法:检索了所有跟GWAS报道的肿瘤相关的危险SNP以及与之紧密连锁(r2>0.8)的SNP位点,对每一个SNP选择其周围500bp大小的片段作为可能的功能区域.我们在293T细胞中,采用CapSTARR-Seq研究手段,这是一种高通量定量检测目标区域增强子活性的方法,来检测所有肿瘤相关危险SNP位点所处区域的增强子活性.然后,对于鉴定出来的处于增强子区域的SNP,我们计划再测试SNP基因型的改变是否会影响所处区域增强子片段的活性.结果:检索得到1055个GWAS报道的肿瘤危险SNP位点,共有10673个SNP位点与它们连锁.通过CapSTARR-Seq方法,我们找到了268个SNP处于增强子区域,其中有30个SNP位点表现出明显的SNP危险基因型倾向性,表明这些位点SNP基因型的改变有可能会影响增强子的活性.并且,有一些包含SNP的增强子片段处于一些已知肿瘤基因的内含子区,比如CHEK2,JAK2,以及CCND1基因.结论:我们的研究表明CapSTARR-Seq是一种研究风险SNP位点,鉴定具有调节功能SNP的有效方法.并且,GWAS鉴定的位于非编码区的危险肿瘤SNP位点,可能通过改变其所在的增强子区域的活性,进而调控肿瘤基因的表达,最终促进了肿瘤的发生发展.
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