海洋生态环境影响评价(MEEIA)是海洋工程环境影响评价(EIA)的重要内容之一.但也是当前海洋工程EIA中最为薄弱的环节。MEEIA的重点是对海洋工程的生态系统结构与功能的影响(即生物群落及其生境变化)进行综合分析与预测，但由于评价方法技术原因，当前MEEIA都没有从生态完整性角度并应用景观分析法对此进行深入分析，以致于从工程后评估中表现中诸多生态问题。从生态学角度来看，海洋工程引起的海洋生境变化是MEEIA的一个关键问题，特别是海洋生境破碎化问题。同时又是一个难点，应用景观分析法是解决这个问题的有效途径。本文以长江口深水航道治理一期工程为例,应用景观分析法对河口大型工程的生境破碎化影响进行了分析研究。研究结果表明，一期工程建设已对长江河口生境破碎化和生境景观多样性产生明显影响。水体生境斑块分布格局受一期工程建设导致的河口局部水动力改变影响很大。2002年5-6月工程建设已对长江河口海域水体生境破碎化产生了明显影响，造成局部小尺度海洋水系改变。除盐度外，2002年长江口水体DO和COD的斑块数量以及H、D和C值均大于一期工程前期(1997年5月)。此外，工程导致河口底柄生境和渔业资源生境破碎化是该工程影响的另外两个重要方面，值得深入研究。景观分析方法是一个非常有用工具,应结合海洋主体功能区划，在现行海洋工程生态环境影响评价中大力推行并重点发展应用这一工具，同时建议开展(1)海洋工程环境影响评价结论与措施效果的后评估; (2)海洋景观分析手段在MEIA中的应用研究;(3)海洋工程环境影响评价的理论方法与案例研究。