目的：应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异性表达基因,建立HSCR基因表达谱,探讨先天性巨结肠发生发展的机制.方法：本研究采用全人类基因组表达谱芯片检测4对先天性巨结肠及其正常切缘组织的基因表达谱,最后采用RT-PCR技术对个别差异表达基因进行验证.进一步应用免疫组化二步法染色检测46例先天性巨结肠患儿狭窄段、移行段、扩张段和正常段壁组织肌间神经丛中HAND2蛋白的表达.结果：筛选出有表达意义的基因12125个.筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因有584个(93.89％),上调基因38个(6.11％),应用RT-PCR技术验证包含HAND2在内的6条差异表达基因,显示其结果与基因芯片检测结果方向一致.免疫组化显示HAND2在HD患儿正常肠管组织的肌间神经丛有阳性表达,多呈强阳性；环形肌及纵行肌亦有表达,多呈中等强度阳性.狭窄段肌间神经丛中,未见有阳性染色的神经节细胞,可见肌间神经纤维表达呈弱阳性或阴性；在移行段与扩张段组织肌间神经丛中,可见较多阳性表达肌间神经节或神经纤维较.狭窄段分别与移行段、扩张段及正常段肠管相比,狭窄段的平均光密度明显降低,差异有显著的统计学意义(P＜0.01).结论：1.先天性巨结肠病变组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,实验数据可以为HD病变发生发展过程中分子水平的研究提供有价值的信息.2.狭窄段肌间神经丛中HAND2蛋白表达量降低,HAND2表达改变可能是HD的发病因素之一.