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柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)属于长线形病毒科(Closteroviridae),长线形病毒属(Closterovirus),是目前已知的最大的植物病毒,对世界柑橘生产影响很大(Martelli等,2002;Moreno等,2008).CTV为正单链RNA病毒,基因组全长约19.3kb,包括12个开放阅读框,编码至少17种蛋白,3 端无poly (A)尾结构.为了探究CTV的起源、进化及基因功能等,国外学者对CTV的分子变异及基因组序列特点进行了大量的研究,目前已报道或在GenBank登录有来自不同国家或地区的15个CTV分离物全基因组序列,而尚无来源于中国的CTV全基因组序列的报道.