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基于复杂科学理论的社会科学计算实验是一种分析政策有效性的新方法。针对区域排污权系统的复杂性及特殊性，并在企业差异性与决策机制分析的基础上，构建了基于异质主体的区域排污权交易系统计算实验模型。通过实验研究了排污权交易市场的原始效率与交易效率以及不完全信息条件下排污权交易市场的均衡价格形成过程，重点进行了排污权交易市场效率对企业差异性的敏感性分析。不同于传统经济学研究方法，模型采用自下而上的差异性建模方法。