目的：提出分子标记法中药药性物质基础研究的新思路，探讨全电性离子色谱技术用于筛选中药药性蛋白质分子标记的可行性。 方法：联合应用阴、阳离子交换色谱技术.将特定pH条件下的中药的全部水溶性蛋白的色谱峰呈现出来，形成全电性离子色谱图，平行比较不同药性中药的全电性离子色谱图，筛选出相同药性中药间共有的药性标识峰，对药性标识峰组分作SDS-PAGE，比较分析药性相关的共有蛋白条带，作为中药药性的蛋白质分子标记. 结果：干姜、肉桂、仙茅3味热性中药在阴离子交换色谱的收集部分编号为30附近。存在多个共有特征峰，黄连、知母、金银花3味寒性中药在阴离子交换色谱的收集编号为35附近存在多个共有特征峰；3味热性中药的共有特征峰组分在分子量为50kU附近存在一条共有条带，在分子量约为31kU处，存在2条共有条带；3味寒性中药共有特征峰组分在分子量为31kU附近，存在2条共有条带。 结论：收集编号为35和30附近的共有色谱峰在3次重复中稳定呈现，可以作为6味测试中药的寒、热药性标识峰。标识峰的共有条带分别是3味寒性中药与3味热性中药所特有的.在3次重复中稳定呈现.可以作为6味测试中药药性的蛋白质分子标记。全电性离子色谱法是一种可行的中药药性分子标记研究的新方法。