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传统发酵乳制品是蒙古国人民饮食的重要组成部分,其中的内源性细菌群落在传统乳制品的独特风味及营养价值方面发挥着重要作用。本研究结合单分子实时测序技术和纯培养方法,系统地研究蒙古国传统乳制品中的细菌多样性。以16份蒙古国巴彦洪格尔省的传统发酵奶酪、酸马奶和酸牛奶为研究对象,采用纯培养结合16S rRNA基因测序的方法分离、鉴定其中的乳酸菌分离株,并应用SMRT测序技术基于16S rRNA基因全长测定和分析了16份传统乳制品中的细菌菌群结构。结果表明,从16份样品中共分离获得48株乳酸菌,鉴定为6个属和13个种及亚种,其中Lactobacillus helveticus(31.2%)和Lactobacillus kefiranofaciens(22.9%)为优势菌种;SMRT测序结果显示,16份样品中的细菌属于11个菌门中的155个属234个种及亚种,Lactobacillus helveticus (77.3%), Lactobacillus delbrueckii (57.7%)和Enterobacter xiangfangensis(41.0%)分别为传统发酵酸马奶,酸奶及传统奶酪中的优势菌种;PCoA和MANOVA结果表明三种乳制品类型中的微生物菌群结构存在很大差别。本研究表明蒙古国传统乳制品中细菌菌群复杂多样,并随样品而不同。这种细菌菌群结构的差异可能是源于发酵乳制品的种类、制备方法及地理环境等因素。