普通小麦是重要的粮食作物，但由于其基因组庞大、含有高度重复序列、异源六倍体特征和长期缺乏参考基因组序列，小麦重要性状基因的精细定位和图位克隆难度较大。我们实验室建立了应用集群分离分析(BSA)和下一代测序技术进行RNA-seq分析的普通小麦BSR-seq分析技术体系，利用重组自交系(RIL)和F2∶3分离群体可以快速、高效、低成本地将目标基因定位于非常小的基因组区段。利用现有的短柄草、水稻、高粱基因组序列，乌拉尔图小麦、粗山羊草和普通小麦中国春序列草图，以及粗山羊草物理图谱和参考基因组序列开展比较基因组学分析，开发与目标基因紧密连锁和共分离的分子标记，实现对目标基因的精细定位。通过筛选BAC文库进行染色体登陆和染色体步移构建目标基因的物理图谱，实现目标基因的图位克隆。通过自然群体(核心种质和地方品种等)关联分析，缩小了候选基因所在目标基因组区间和确定候选基因。最后应用突变体分析和转基因(包括基因组编辑)验证目标基因的功能。