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通过构建真菌ITS基因文库、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的真菌群落结构进行了比较.研究结构表明:汾酒大曲内真菌全部分布于酵母目和毛霉菌目,且三种大曲的真菌群落结构存在明显差异,其中清茬曲的优势真菌为毕赤酵母属和根霉属(占全部克隆子的比例分别是66.7％和30％);后火曲的优势真菌为毕赤酵母属(占全部克隆子的比例是80.24％);红心曲的优势真菌为根霉属和横梗霉属(占全部克隆子的比例分别是38.89％和33.33％).