基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析

来源 :中国植物病理学会2015年学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:evavincent
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  通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段.序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白.CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸一致率为90.0%~99.7%.重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC (KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB (KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组.系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组.选择压力分析结果表明CP基因处于正选择,其他基因处于负选择.本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据.
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