鳜鱼是东亚特有的淡水经济鱼类,分布于中国、越南、俄罗斯、日本和朝鲜半岛,尤以中国最多。根据不同学者的观点鳜鱼有9-12种,鳜鱼的物种有效性和进化关系尚存争论。鳜鱼种内存在高度的遗传多样性,如:广西和福建的斑鳜、南方和北方的翘嘴鳜都存在遗传差异。不同鳜鱼的生产性状差异较大,如:翘嘴鳜和大眼鳜的生长速度明显不同。鳜鱼是名贵鱼类,肉质细嫩,味道鲜美,具有很高的经济价值,在国内有较好的养殖基础。70年代以后鳜鱼的野生资源在长江以北地区面临绝迹,为了更好地保护和利用鳜鱼的资源,厘清鳜鱼的进化历史和遗传多样性是亟待解决的问题。本研究通过靶基因富集和二代测序分析获得了9种鳜鱼33尾个体的16,943个核基因位点的数据。贝叶斯因子鉴定分析确定了漓江鳜和刘氏少鳞鳜皆为有效种。最大似然法建树支持斑鳜为最原始鳜类;翘嘴鳜和大眼鳜为姐妹种,然后和长体鳜聚为一枝;暗鳜、波纹鳜和漓江鳜聚为一枝。通过对翘嘴鳜和大眼鳜的基因进化历史和群体异常位点的挖掘,筛选出能在两个物种中特异的基因位点。通过种间(内)遗传差异的比较,挖掘与生产性状相关的遗传信息可为进一步开发利用鳜鱼的种质资源提供基础资料。