为探讨小家鼠在中国的线粒体DNA分化;推断生物地理演化过程和人类活动对小家鼠迁移的影响，对小家鼠在我国的群体遗传学进行了初步的研究。通过测定来自中国12个采集地的184只小家鼠的控制区全序列，并结合了Genbank里的单倍型，首次研究小家鼠在中国的分子系统地理格局、种群历史和生物地理过程。结果表明小家鼠在中国分为两个线粒体DNA系(南方系和北方系)。分子变异等级分析结果表明主要的分子变异发生在两个线粒体DNA系之间(84.03％)。根据研究结果推断长江是两个线粒体DNA系之间基因交流受限的主要地理障碍。综合单倍型和核苷酸的多样性、单倍型进化网络关系以及单倍型歧点分布图推断小家鼠在中国的两个系是在末冰期时从“避难所”经历了快速的种群再扩张导致今天的地理分布格局。根据系统发育树的结果推断，北方系种群的大体扩散方向是从北往南，而南方系是从南往北迁移，小家鼠种群的扩散时间与人的扩散时间(6000-16000)基本一致，这可能暗示人类活动对小家鼠的迁移产生的重要影响。