苔藓动物是后生动物系统进化研究中的关键类群之一,其在后生动物中的系统发生地位及其主要分类群的起源和分歧时间一直是动物学和进化生物学中最为争议的难题之一。本文基于冠轮动物(Lophotrochozoa)主要门类(包括软体动物门、腕足动物门、帚虫动物门、须腕动物门、纽形动物门、星虫动物门、螠虫动物门、环节动物门、扁形动物门、棘头动物门、轮虫动物门、环口动物门、内肛动物门、苔藓动物门等)共38个代表种类的LSU和SSU rRNA基因组合基因序列数据,以二胚层动物为外类群,运用最大简约法(maximum parsimony,MP)、最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯分析法(bayesian inference,BI),重建了触手冠担轮动物的分子系统树;同时,运用Multidivtime和Beast软件包,基于宽松分子钟的方法和确切的化石记录校准点推测了苔藓动物主要类群的起源与分歧时间。分子系统学的分析结果表明:触手冠动物并非是单种系群;而苔藓动物则为单系发生类群,并构成触手冠担轮动物的基部分支。尽管苔藓动物的最早化石记录仅发现于奥陶纪特马豆克期(Tremadocian Period)地层中,谱系年代分析结果显示:苔藓动物及其主要谱系在新元古代(Neoproterozoic)已经分化;其中,苔藓动物祖先类群的起源时间约为634Ma,基部类群(被唇纲)与其它苔藓动物的分歧时间大约为607Ma。这一结果说明,化石记录始于奥陶纪的苔藓动物根植于新元古代的埃迪卡拉纪(Ediacaran Peroid),早期祖先类群可能缺乏钙化骨骼,因而不易保存为化石。从而支持关于动物主要门类起源于新元古代的谱系年代学研究成果。