如园遗址是圆明园乃至国内园林遗址中罕有的遗存最丰富、格局最完整的案例之一。芝兰室作为如园主要单体建筑的典型代表之一，历史上多次易名改建，后遭大火焚毁，直到现今遗址考古发掘完毕，埋藏在建筑背后丰富的历史文化价值逐渐显露。首先，芝兰室东、西、南三面环水，假山叠石环绕，视野开阔，芝兰扑鼻，环境素雅，是清代皇家园林中建筑本体和谐融于自然环境之中的典型实例之一，展现了清代帝王深厚的艺术修养与良好的审美追求，同时也体现了古代设计者高超的营造技艺，对当代建筑师的地域性造园构思与自然生态建筑创作都有重要的启发作用。第二，芝兰室遗址遗存种类丰富，包含了大量的柱顶石、陡板石、山石踏跺、空心铺地砖、金砖、散水砖、柏木桩、驳岸石等，局部铺砌保留完整，为研究当时建筑施工工艺、材料性能以及审美意趣提供了重要的实物样本。第三，芝兰室遗存的少数样式雷图档，还原了特定时期芝兰室室内装修与空间格局，再对现存遗址的平面格局以及柱顶石切削痕迹进行分析，可获得部分芝兰室室内装修变迁与空间格局变化的重要资料，为研究清代皇家御苑建筑室内装修做法与艺术追求提供了很好的素材。最后，芝兰室遗址作为被英法联军焚毁后圆明园遗址的重要组成部分之一，是对国人进行爱国主义情感教育的基地，具有参观凭吊，教育后人不忘国耻，热爱世界和平，国际友好交往的教育功能，其历史文化价值应当予以重视和挖掘。