在秦岭和大别山褶皱带，高山地势和更新世以来的气候变化对两栖动物种群遗传结构影响的研究很少.秦岭雨蛙是我国特有的一种两栖动物，它的分布仅限于秦岭山脉和大别山区，而且呈片段化分布.近年来，随着栖息地周围环境的变化以及人类活动的增加其分布范围越来越小.本研究利用线粒体cytb 基因和COI 基因的部分片段去分析秦岭雨蛙的种群遗传结构，并且去推断它的进化历史.2011—2012 年，在秦岭地区14 个地点和大别山区2 个地点共采集到秦岭雨蛙208个个体，通过提取总DNA、PCR 扩增、测序、软件分析等过程，共得到32 个单倍型，这些单倍型形成4 个单倍群.系统发育分析表明两个分异明显的进化枝系分别代表秦岭山区和大别山区，并且这两个地区由复杂的地势和遥远的距离分隔开来；蒙特尔检验显示与遗传变异相关的距离隔离模型的存在；SAMOVA 分析表明在这个物种内存在谱系地理结构；错配分布和中性检验表明除秦岭种群和整个秦岭雨蛙种群外，其他各个种群之间历史上都发生过种群扩散；具有明显地理分布的进化枝系和估算的分异时间都表明秦岭雨蛙在时空分布上的隔离与更新世以来的气候变化相关；分子变异分析表明可观察到的遗传变异主要发生在秦岭和大别山两个种群之间，由此说明这两个种群之间存在着长期的基因流中断，并且他们可以被分成两个管理单元加以保护.总之，秦岭雨蛙的分布具有明显的谱系地理结构，秦岭和大别山复杂的地势对秦岭雨蛙的种群遗传结构产生了深刻的影响，并且第四纪冰期的气候变化也深深地影响了这种动物的分布.