【摘 要】
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The aim was to identify codon usage bias between the newly comfirmed Salmonella pullorum outer membrane protein C (ompC) gene (GenBank accession No.CP003047) and that of other 21 reference Enterobacte
【机 构】
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Institute of Preventive Veterinary Medicine,College of Veterinary Medicine of Sichuan Agricultural U
【出 处】
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中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第十一次全国学术研讨会暨第五届会员代表大会
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The aim was to identify codon usage bias between the newly comfirmed Salmonella pullorum outer membrane protein C (ompC) gene (GenBank accession No.CP003047) and that of other 21 reference Enterobacteriaceae,and we performed comparative analysis of the codon usage bias among different organisms by a series of bioinformatics softwares The apparent codon usage bias in the 22 ompC were indicated by the codon adaptation index (CAI),effective number of codons (ENc)and the value of G+C content at the 3rd codon position(GC3s).The Enc-plot revealed that these outer membrane protein C genes are subject to GC compositional constraints.The correlation analysis with other four organisms implied that codon usage pattern of E.coli is similar to Salmonella pullorum OmpC.
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