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胡萝卜栽培品种可根据根形划分不同类型,在生长初期均呈锥形,随着肉质根的膨大,呈现出不同形状,如皇帝类型为细长形,南特斯类型为圆柱形。已有研究表明赤霉素、生长素、细胞分裂素、脱落酸与油菜素内酯等激素可调控胡萝卜根的生长,同时肉质根的膨大还受到环境和栽培条件的影响。确定肉质根根形最主要的两个性状为根长和根宽,然而相关遗传研究鲜有报道,本研究中通过极端性状混池重测序(BSA-seq)的方法,对控制根长、根宽的基因进行初步定位。以白色木质化的胡萝卜‘松滋野生’(Ws)和欧洲橘色栽培品种‘Amsterdam’(Af)为亲本构建回交重组自交系。通过极端性状混池方法分别构建根长和根宽性状的极端池,将4个极端池和两个亲本的DNA进行重测序,其中亲本Af和Ws的测序深度分别为10×,混池测序深度分别为30×。使用BWA软件与参考基因组比对,使用SAMtools软件进行SNP-calling,过滤掉质量值<20或者测序深度<4或者> 32的SNP。通过计算SNP-index差值,将控制根长性状的QTL在3号染色体上定位到17.36～19.40 Mb的区域为候选区间,通过Annovar注释,在该候选区域内找到了个33个基因,其中7个基因的变异位点位于外显子上,分别为:LOC108212361、LOC108212366、LOC108212368、LOC108212372、LOC108212373、LOC108212377和LOC108213145,然而前6个位点编码的蛋白功能尚不明确,LOC108213145编码环状核苷酸结合蛋白。控制根宽性状的QTL定位到7号染色体11.86～13.57 Mb之间,该候选区域内共有95个基因,24个基因属于外显子变异,其中LOC108194655编码蛋白质FAR1相关序列,该蛋白在拟南芥中参与调控光信号和脱落酸信号;LOC108196350编码热激蛋白转录因子,LOC108193674编码的蛋白属于热激蛋白家族,热激蛋白多与胁迫响应信号通路、激素受体、激酶活性调节和胞内运输相关;LOC108193367编码蛋白激酶,蛋白激酶通过化学添加磷酸基团来修饰其他蛋白质,该过程对于真核细胞中的大多数信号传导和调节过程至关重要,可能影响胡萝卜根长、根宽。该结果为进一步精细定位根长、根宽基因奠定基础。