【摘 要】
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目的 以分子对接技术从芹菜籽小分子化合物中虚拟筛选具黄嘌呤氧化酶抑制作用的活性成分,揭示芹菜籽发挥降尿酸作用的物质基础.方法 检索整理相关文献收集芹菜籽已知小分子化合物并用Chembio 3D软件绘制化合物三维结构并进行能量优化,建立配体库;从PDB数据库下载配体1N5X,使用Chimera软件删除多余链及配体,采用Autodock 4.2分子对接软件对受体蛋白加氢加电荷,进行分子对接计算虚拟筛选
【机 构】
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北京中医药大学中药学院,北京100102
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目的 以分子对接技术从芹菜籽小分子化合物中虚拟筛选具黄嘌呤氧化酶抑制作用的活性成分,揭示芹菜籽发挥降尿酸作用的物质基础.方法 检索整理相关文献收集芹菜籽已知小分子化合物并用Chembio 3D软件绘制化合物三维结构并进行能量优化,建立配体库;从PDB数据库下载配体1N5X,使用Chimera软件删除多余链及配体,采用Autodock 4.2分子对接软件对受体蛋白加氢加电荷,进行分子对接计算虚拟筛选出芹菜籽中的黄嘌呤氧化酶抑制剂.使用Pymol软件观察受配复合物结合构象合理程度,使用Ligplot软件分析手配复合物结合二维构象,分析受配复合物氢键及疏水作用基团.结果 通过与原配体TEI(非布司他)相比较,筛选出17个与靶蛋白的结合能较高的芹菜籽小分子化合物:黄酮类9个,如木犀草素-3-O-β-D-葡萄糖苷、香叶木素-7-O-β-D-葡萄糖苷、芫花苷等;倍半萜类5个,Celerioside A-E;豆甾醇-3-O-β-D-葡萄糖苷、旱芹苷等.以上化合物与黄嘌呤氧化酶结合疏水基团主要为Leu648、Phe649、Lys771、Glu802、Leu17、Phe914、Phe1009、Val1011、Phe1013、Leu1014、Pro1076、Ala1078、Ala1079等,氢键基团为Arg880、Thr1010、Ser876等.结论 使用分子对接方法从芹菜籽小分子化合物分子中虚拟筛选高尿酸血症药物设计关键靶点黄嘌呤氧化酶的抑制剂,得到14个结合自由能较阳性对照非布司他低的芹菜籽小分子化合物,芹菜籽抑制黄嘌呤氧化酶活性可能是以上化合物共同作用的结果,为进一步解释芹菜籽降尿酸作用的分子机制奠定基础;分子对接技术能更直观形象、高效经济的解释小分子化合物发挥酶调节作用的化学实质,在阐明多靶点、多成分中药的作用机制研究中具明显优势.
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