【摘 要】
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目的在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上,构建涵盖我国31个省的VNTR数据库,每个省份优化出一套(VNTR)位点组合,为我国结核病预防控
【机 构】
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温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室; 首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室; 北京市昌平区结核病防治所检验科; 运城市急救中
【基金项目】
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国家自然科学基金(81273144);北京市自然科学基金B类重点项目(KZ201510025024)
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目的在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上,构建涵盖我国31个省的VNTR数据库,每个省份优化出一套(VNTR)位点组合,为我国结核病预防控制提供科学依据。方法对2007—2008年全国结核病耐药性基线调查的结核分枝杆菌4116株行第15位点VNTR(15-VNTR)基因分型。采用分辨率指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率。据此,依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为31个省设计一套12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR、5-VNTR组合并加以评价。结果完成了3966株结核分枝杆菌完整的15-VNTR图谱,涵盖率为96.36%(3966/4116)。通过各个位点HGI的中值比较发现,Qub-11b、MIRU 26、Mtub21、Mtub04、QuB 26、MIRU31、MIRU10属于高分辨率位点;Qub26、MIRU16、Mtub21、Qub-11b在部分地区呈现较差遗传稳定性。内蒙古,重庆,黑龙江地区的最优组合为10-VNTR,其他地区用8-VNTR作为最优组合。结论该数据库的建立,推动了结核分枝杆菌传染源全国范围的追踪和簇调查;一系列优化VNTR组合的推出助推各省通过分析成簇率实现当地疫情的监测和进行群体遗传学的研究。
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