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黄铁矿的生物氧化机制为A.ferrooxidans首先附着在黄铁矿表面形成生物膜，随后对黄铁矿进行侵蚀。元素S先被氧化成中间产物，随后Fe(Ⅱ)被氧化成Fe(Ⅲ)，元素S经-1价、Sn2-中间产物S0及S2032-最终被氧化成高价硫酸盐。宏观上体现为溶液中的Fe3+和SO42-盐与其它离子共同结合形成铁矾类沉淀，造成溶液的pH不断下降，最终在细菌和Fe3+的协同作用下，黄铁矿表面被彻底氧化分解。