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棉花是世界性的重要经济作物,在我国国民经济中占据重要位置。近年来,由于纺纱工业的迅速发展以及人们对衣着要求的普遍提高,所以对棉花的总体纤维品质的要求更高。但与国外相比,我国陆地棉当家品种的纤维品质中等,比强度低于世界中等水平,而且存在长而不细现象。因此,对棉花纤维品质尤其是断裂比强度的研究非常必要。近几年棉花在分子技术方面发展迅速,棉花中关于纤维断裂比强度基因定位及分子标记筛选已取得一定进展;但由于陆地棉遗传基础狭窄,引物多态性比例较低,目前构建的陆地棉种内遗传图谱标记位点数都相对较少,标记间平均遗传距离较大,难以达到分子标记辅助选择育种和图位克隆的要求。SLAF-seq技术对基因组进行了有效简化,选择均匀分布在整个基因组、且避开重复序列区域的特异片段进行高深度测序,通过比较SNP标记的不同基因型在F2分离群体2个混池中出现频率的差异,确定与性状紧密相关的分子标记,最终达到基因定位的目的,解决了传统分子育种的种种局限。本研究以断裂比强度为主要研究性状,以断裂比强度低的棉花品系Z311-2和断裂比强度高的棉花品系1498为亲本材料,构建F2分离群体,依据F2群体中断裂比强度的相对差异,选取断裂比强度大、小2个极端性状的个体分别建立基因混池。对棉花断裂比强度性状不同的2个亲本及其F2分离群体（2个极端混池）进行SLAF-seq测序,共获得202353个S LAF标签,其中父本的测序深度为25.30×,母本的测序深度为37.64×,比强度大的基因池的平均测序深度为43.99×,比强度小基因池的平均测序深度为42.41×;多态性SLAF标签有12961个,多态性比例为6.41%。以异源四倍体棉花（Gossypium hirsutum L.）基因组序列为参考基因组,通过ED方法对多态性SLAF标签的分析,共关联到149个基因,获得性状关联区域共2.82 Mb。使用BLAST软件关联区域内的候选基因分别与NR、SwissProt、KEGG、GO和COG数据库比对,进行功能注释和生物通路富集分析,关联区域共有149个基因注释到NR,109个基因注释到SwissProt,42个基因注释到KEGG通路,48个基因注释到GOTerm,120个基因注释到COG Class。对关联区域内的数据进一步分析发现,位于编码区起同义或非同义突变作用的SNP差异位点有44个,占该区域总差异位点数的3.48%。本研究通过测序及关联分析获得与断裂比强度性状紧密相关的分子标记及候选关联基因,这为进一步深入挖掘高断裂比强度基因及其应用奠定基础。