微藻以其含油量高、富含高值化产物、生长速率快、环境适应性高、不与传统农作物争地争水的优势成为一种备受关注的新型经济作物。优良的藻种是发展微藻产业的基础。从自然界中分离、筛选优质微藻种质资源是发展经济微藻课题的重要环节。我国南海拥有丰富的微藻资源。于2009年-2014年期间，分别在南海的珊瑚礁、海草床、红树林、码头、盐田、河口等近海海域以及大洋海域(西沙群岛、南沙群岛等)生境进行海水微藻样品采集，共收集到样品230余份，分离纯化获得海水藻株650多株，经分子生物学与形态学的初步鉴定，这些藻株隶属于绿藻门、硅藻门、金藻门和甲藻门，其中以绿藻门为主，包括小球藻、微拟球藻、微绿球藻、杜氏藻、四爿藻、栅藻、微拟球藻、舟形藻、海链藻、微星藻、胶丝藻、卵囊藻、皮克绿胞藻和微芒藻共计14个属。经筛选评估，发现所分离到的藻种油脂含量大于40％的藻株5株，α -亚麻酸含量大于1％的藻株3株，二十碳五烯酸(EPA)含量大于1％的藻株4株，岩藻黄素含量大于1％的藻株2株。所有分离纯化藻株均保藏于中国科学院南海海洋研究所的藻种保藏库内，并按国际通用规范进行续代维护，建立了南海海域分离藻株的保藏维护体系，为有关藻株的商业开发奠定了坚实基础。