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口蹄疫病毒(FMDV)是对偶蹄类家畜如牛、绵羊、山羊和猪等影响最为严重的病毒之一,可以引起口蹄疫(FMD),发病动物的主要症状是高热以及在口、鼻、蹄和母畜乳头无毛部位发形成水疱。口蹄疫病毒除了具有感染性和致病力强、潜伏期短、发病急,可通过含毒空气传播等特点外,最重要的特点是病原变异性强、具有准种特征,因此,给该病的控制和消灭增加了难度。如果没有得到快速有效的控制,易感动物就会将FMDV传播给野生动物。表达谱芯片是基因芯片的一种,它可以从整体上分析细胞表达情况,通过比较不同个体或物种之间以及同一个体在不同生长发育阶段以及正常和疾病状态下基因转录和其表达的差异,寻找和发现新的基因,并研究它们在生物体发育、遗传、进化等过程中的功能;表达谱芯片可为研究基因调控网络及机理,揭示不同层次多基因协同作用的生命过程提供手段,将在研究许多重大疾病的相关基因及作用机理方面发挥巨大作用。疾病的发生与发展往往伴随着基因表达模式的改变,正常宿主基因的表达和感染病原后宿主基因的表达存在一定的相关性和差异,本研究通过A型FMDV流行毒株(A/WH/CHA/09)和A型FMDV重组毒株分别感染BHK-21细胞,运用包含35,882个转录体,其中包括了28853个已知基因的全转录组分析芯片-Mouse Gene 1.0 ST芯片,对感染后1h和2h这两个时间点的BHK-21细胞的总RNA进行了转录组比较分析。采用ratio>2倍的标准筛选差异表达基因,结果显示A型FMDV流行毒株感染BHK-21细胞1h后获得了45个差异表达基因,其中16个上调表达基因和29个下调表达基因;感染后2h获得了144个差异表达基因,其中50个上调表达基因和94个下调表达基因。其中上调表达的基因主要有组蛋白家族、缝隙连接蛋白、B淋巴细胞前体基因、凋亡诱导因子等,下调表达的基因有真核翻译起始因子、泛素结合酶、核糖体蛋白等。而A型口蹄疫病毒重组毒株感染BHK-21细胞1h后获得了49条差异表达基因,其中32个上调表达基因和17个下调表达基因;感染后2h获得了175个差异表达基因,其中101个上调表达基因和74个下调表达基因。其中,上调表达的基因主要有RASD家族、缝隙连接蛋白、凋亡诱导因子等,下调表达的基因主要有动力蛋白、核糖体核蛋白、核糖体蛋白等。实时定量PCR技术通过PCR反应产物逐渐累积,使荧光信号强度等比例增加来实时监控扩增产物。实时定量PCR除了具有普通PCR的优点外,还能对样品进行定量,减少污染,从而扩展了PCR技术的应用范畴,是一项具有划时代意义的新技术。本研究用实时荧光定量PCR技术验证了目标基因eIF3、UBE2、AIF和Connexin在口蹄疫病毒感染BHK-21细胞后2h总RNA的表达量,变化趋势与芯片结果基本一致,证实了芯片结果的可靠性。本研究成功建立了A型口蹄疫病毒感染BHK-21细胞的表达谱芯片杂交模型,并筛选出了差异表达的基因,在此基础上利用荧光定量PCR技术进一步验证了芯片结果的可靠性,以此为平台可以进一步探讨口蹄疫病毒感染BHK细胞发病的分子机制,对口蹄疫的早期诊断具有重要价值。