微生物(microorganism)是自然界中重要的分解代谢类群，在物质循环及能量转化中起着重要的作用。了解并掌握养殖池塘中微生物的群落结构变化对于养殖池塘水体水质的改善和生态平衡的维持具有重要意义。水体微生物不仅关系到水产动物的生存环境，而且有些微生物还是养殖动物的病原，因此研究养殖水体的微生物群落结构和多样性对水产养殖具有重要意义。本研究自2009年7月至2010年8月以DGGE、16SrDNA文库、T-RFLP为主要研究方法对草鱼主养池塘水体微生物群落结构及多样性进行研究。同时考虑到水源对池塘水体的直接影响，因此也开展了水源水体微生物群落的研究，并对养殖池塘中几种重要的、与水产养殖密切相关的微生物进行了周年动态分析。　　 本文首先以DGGE和16S rDNA文库的方法研究了主养草鱼池塘的水源水体(长江老河故道)的微生物多样性。DGGE图谱显示2010年5月的样品条带最多，说明2010年5月该水体中的微生物物种最丰富。对11条DGGE条带的序列结果进行分析发现，此11个序列所代表的细菌分属于疣微菌门，变形菌门，厚壁菌门，拟杆菌门和蓝藻门。16S rDNA文库分析结果表明2010年5月样品中的优势菌群为浮霉菌门的种类，其次为变形菌门、蓝藻门、放线菌门的种类和未鉴定的细菌。综合分析DGGE与16S rDNA文库的结果可知，水源水体(长江老河故道)的微生物群落由浮霉菌门、疣微菌门、变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、蓝藻门、放线菌门和未鉴定的细菌组成。　　 草鱼主养池塘水体微生物多样性和群落结构的研究以DGGE、16S rDNA文库和T-RFLP为方法进行，同时以未富集培养的(W4)和经富集培养的(B4)水样做为对比研究对象。实验结果显示，草鱼主养池塘微生物群的落结构组成相对简单，优势菌群突出。综合分析经富集培养与未培养的水样微生物群落结构结果显示，养殖池塘水体的微生物群落由变形菌门、厚壁菌门、浮霉菌门、蓝藻门、拟杆菌门、放线菌门、疣微菌门的种类和未鉴定的细菌组成，优势菌群为变形菌门的种类。　　 目前危害草鱼健康的疾病主要为草鱼肠炎病、烂鳃病、赤皮病等，而嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescent)分别为这三种疾病的病原菌。噬菌蛭弧菌(Bdellovibrio bacteriovorus)为一类有益微生物，具有“寄生”和“裂解”宿主菌的特性。为了弄清这几种重要的、与水产养殖密切相关的细菌在池塘微生物群落中的相互关系，本研究以MPN-PCR法调查研究了一口主养草鱼养殖池塘中噬菌蛭弧菌、蛭弧菌属细菌以及以上三种致病菌的周年动态变化，并对草鱼主养池塘的水质指标进行了测定，同时对以上几种细菌的周年动态变化与水质指标的变化进行了相关性分析。实验结果显示，在三种致病菌出现峰值的2009年9月、2010年3月和8月，噬菌蛭弧菌和蛭弧菌属细菌均能达到最大MPN值，说明蛭弧菌的数量变化与致病菌的数量变化存在相关性，即三种致病菌在水体中的浓度出现高峰时，蛭弧菌出现相应高峰现象。通过分析草鱼主养池塘水体的水质指标与水中几种重要细菌的含量发现，嗜水气单胞菌与CODMn、蛭弧菌与硝酸氮呈负相关关系，柱状黄杆菌与叶绿素a呈正相关关系。