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本研究以我国主要地方山羊品种及部分引入品种为研究对象,利用PCR技术,扩增了山羊肌肉生长抑制素基因(GenBank登录号为DQ167575),测序后对其序列的结构、核苷酸组成及编码的氨基酸进行了初步研究,并利用Bioedit、Phylip等生物学软件构建了山羊MSTN基因进化树,同时对各品种山羊MSTN基因部分序列进行了PCR-RFLP分析。研究结果表明:1.利用PCR方法扩增得到了山羊MSTN基因5211bp的DNA序列(DQ17575)。有3个外显子和2个内含子,外显子的大小分别为:373bp、374bp、381bp;内含子分别为1834bp、2027bp。2.在该序列中存在大量的热休克应答元件,山羊与牛、猪、马、人、狒狒、狗、红狐狸、家鼠、火鸡、鹌鹑、鸭、鹅、鸡、家鸽、大西洋鲑、鲈鱼、大黄鱼、斑马鱼、运河鲶鱼的MSTN基因编码区核苷酸序列的同源性分别为96.37%、94.68%、93.53%、92.38%、92.29%、91.22%、90.60%、89.36%、82.98%、82.98%、82.89%、82.80%、82.35%、81.91%、38.21%、29.70%、27.59%、24.02%、23.59%,山羊的MSTN基因编码375个氨基酸的多肽,并且所编码的成熟肽具有与其它哺乳动物相同的结构,即在127个氨基酸的C末端有保守的蛋白酶水解位点RSRR,成熟肽中含有9个半胱氨酸。这表明MSTN蛋白在不同物种之间具有较强的保守性。3.利用PCR-RFLP方法对山羊MSTN基因的部分序列进行了多态性分析,结果显示在所有受试山羊中外显子2和外显子3没有发现变异,在5′UTR、外显子1和内含子2序列中存在8个多态性位点,它们分别是位于第217位后的TTTTA插入、第345位的T→A的转换、第3617位的C→T、第3726位的C→A、第3783位的T→C、第4280位的T→C、第4600-4604碱基处发生了GCGAT→AGAAG的突变、第4794位的G→A的颠换。第345位的突变(外显子1)为一沉默突变。对这8个多态位点在不同山羊品种中的检测结果表明:野生基因型(AA、CC、EE、GG、II、KK、MM、OO)在大部分群体中是优势基因型。4.根据纯合子的限制性态型,可以将其归纳为8种基因单倍型,单倍型I(IDraI-A、CviAII-A、HphI-A、MvaI-A、Cac8I-A、EcoRV-A、MboII-B、MnlI-A)和III(DraI-A、CviAII-A、HphI-A、MvaI-A、Cac8I-B、EcoRV-A、MboII-B、MnlI-A)为两种基本的单倍型,该结果提示我国地方山羊品种起源于两种不同的祖先,其MSTN基因的遗传多样性比较贫乏,分化程度较低。5.从MSTN基因遗传多样性角度来讲,湖南省的马头山羊和广东省的雷州山羊应作为重点保护对象加以保护。