强优势玉米杂交种豫玉22雌穗均一化cDNA文库的构建与鉴定

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本工作通过Trizol Reagent分离了强优势玉米杂交种豫玉22关键发育时期—雌穗分化时期(生长锥伸长和小穗分化、小花分化、花丝始伸和果穗增长)—的总RNA,反转录合成cDNA,构建了均一化cDNA文库,为进一步研究和分离与杂种优势相关的基因构建了技术平台。在雌穗分化期中分别构建四个独立cDNA文库,所提取总RNA紫外分光光度计测得OD260/OD280的比值.为1.87、1.86、1.85和1.99,电泳检测显示18S、28S rRNA条带清晰,且28S亮度明显大于18S。分别以Not Ⅰ primer-adapter为引物合成cDNA第一条链,随后以链置换法合成cDNA双链。经1%琼脂糖凝胶电泳检测:两条链最长可达5kb。在双链cDNA两段加接头,经过Not Ⅰ酶切,cDNA的分级分离,与载体Not Ⅰ-Sal Ⅰ-Cut vector连接,转化生成四个独立cDNA文库,重组率分别为:90%、87%、85%和93%,克隆数目分别为:2.7×105、6.4×104、3.1×105和2.1×104,每个独立库随机挑取200个克隆,PCR检测插入片断长度平均为1.2kb、1.3kb、1.4kb和1.3kb。 豫玉22基因组DNA分别用EcoR Ⅰ、BamH Ⅰ先后酶切,单酶切后用Klenow Fragment和C-21-biotin-dUTP补平末端,固定在链霉亲和素磁珠上,构建成基因组DNA亲和杂交体系,而后取两份均匀混合的体系先预杂交,接着四个独立cDNA文库各取10ug加入进行杂交。结束后,洗脱下杂交上的部分,复性转化生成3×104个克隆的均一化cDNA文库。挑取其中200个克隆检测,插入片断平均大小是1.3kb,其大小分布与独立cDNA文库一样,未发生改变。随机挑取150个克隆进行测序,81.6%的序列为unique ESTs,11.2%的序列含有两个或两个以上的拷贝,它们主要来自多基因家族转录本,一定程度上证明了此均一化文库的均一化是有效性。
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