农业综合开发是目前我国政府支持和保护农业的战略性措施，是农村全面小康社会建设的重要保证。好的投入机制和项目管理模式是搞好农业综合开发的前提和保障。本论文针对这些问题，通过国内外比较、实证与规范分析、定性与定量分析的方法，找出了我国现行农业投入方式及项目管理上存在的问题，并提出了符合WTO规则，适应新形势的农业综合开发投资与项目管理的新模式。论文从农业综合开发理论及我国十几年的实践进行分析，通过与美国、欧盟及世界银行的财政支农政策和农业项目管理模式的比较，在投入机制上，指出我国现行财政支农政策存在的资金使用效率低、投资结构不合理、支持范围单一、管理手段落后等问题。依据WTO框架，提出了符合“绿箱”政策的“三位一体”的农业综合开发投资目标模式，符合公共财政体系的5个投资结构模式，符合市场经济规律的5种运作模式。在项目管理上，指出我国农业综合开发项目存在的评估机制不合理、项目成功率低、风险管理不到位、项目运作市场化不充分等问题。提出项目实行风险管理，市场化运作，开展项目监测及责任追究制等管理措施的操作方法，以形成同国际接轨的项目管理模式。论文的创新之处在于：在分析国情及借鉴国外经验的基础上，提出了符合“绿箱”政策、公共财政体系和市场经济规律的农业综合开发投资目标模式、结构模式和运作模式。尤其在项目运作中设计了保险公司参与农业投资项目的新模式，用农业综合开发投入这项较低的宏观调控成本来引导、刺激我国农业保险业务的深入开展。在项目管理上，提出了动态监测及风险管理，以提高项目的成功率。本论文的研究在实践上对改善政府投资农业的方式和机制，使农业综合开发在全面小康社会建设中发挥更大的作用等方面有较强的指导意义；在理论上对我国加入WTO后，政府在公共财政框架内支持和保护农业，改革现行财政支农体制，提高我国农业国际竞争力具有理论意义。