本论文包括三部分： 第一章：概述了分子系统地理学以及蜥蜴类动物的分子系统地理学的研究进展。 第二章：应用线粒体DNA的cyt b基因全序列探讨无蹼壁虎Gekko swinhonis的系统地理格局和种群遗传结构。基于线粒体cyt b基因构建了单元型系统发生树，进行了种群遗传变异分析及歧点分布分析。高达13.96％的序列分歧表明无蹼壁虎种群包括明显的两大支系：A支系和B支系。A支系又进一步分成两个亚支；A1、A2亚支系。B支系只局限于秦岭以北及太行山以西的地区，而A支系广泛分布于除B支系分布区以外的华北、华东和华中的广大地区。我们的研究表明A、B支系的分歧产生于3.19-6.38 Mya，由于秦岭一太行地理屏障形成的阻隔，它们在各自的分布区独立进化，不曾发生基因交流。A1、A2两个亚支系的分歧产生于1.43-2.86 Mya。歧点分布分析和种群统计分析提示A1、A2两个亚支系的现代分布是两者各自的分布区扩张的结果。 第三章：描记了壁虎属的1个新种Gekko wenxianensis sp.nov.。新种标本采自位于西秦岭南坡的甘肃省文县丹堡乡。文县壁虎吻鳞接鼻孔，疣鳞从枕、颞部至尾基部的背面均有分布，小腿有少量疣鳞，雄性具6-8个连续分布的肛前孔，尾基部肛疣多数每侧2个。基于线粒体DNA 1556 bp(COI 825 bp和cyt b 731 bp)的序列，对文县壁虎和另外6种分布于中国的壁虎属动物进行了系统发生分析，结果提示此新种是多疣壁虎G japonicus的姐妹群。至此，中国记录的壁虎属动物增至12种。