Ⅲ类组蛋白去乙酰化酶SIRT3抑制剂三维定量构效关系研究

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SIRT3是线粒体NAD+依赖性蛋白质去乙酰酶,其在线粒体能量稳态中起关键作用。近年来,SIRT3正成为治疗代谢和神经疾病的潜在治疗靶点。我们发现烟酰胺作为sirtuins家族的天然底物,当其在反应中大量积累时,会抑制sirtuins的正反应而产生抑制效果,为广谱sirtuins家族抑制剂。本研究旨在设计具有更高活性Ⅲ类组蛋白去乙酰化酶SIRT3抑制剂,验证其广谱抑制能力。Teng Ai等人报导了一组以烟酰胺结构为骨架的化合物,实验测得它们是SIRT1~3的公共抑制剂。因此我们在Topomer CoMFA上构建了一个训练集具有48个SIRT3抑制剂的3D-QSAR模型,并使用12个SIRT3抑制剂验证模型的预测能力。获得留一法相关系数(q2)为0.749,非交叉验证相关系数(r2)为0.993。然后使用Topomer Search技术作为ZINC数据库中新化合物虚拟筛选的工具,我们设计了 25个具有更高活性的新型SIRT3抑制剂。同时我们构建了另一个酶SIRT1的3D-QSAR模型,其包括42个SIRT1化合物抑制剂作为训练集,另外10个SIRT1抑制剂作为测试集,并且选择了同样的切割方式建立模型。SIRT1模型的留一相关系数(q2)和非交叉验证相关系数(r2)分别为0.764和0.979。结果显示这25个新分子对SIRT1的抑制活性并不强。但不可否认,这个比较结果提示了新设计的SIRT3抑制剂化合物为广谱抑制剂。此外,Surflex-Dock用于探索最强的5个新SIRT3抑制剂的结合模式,以研究关键的相互作用位点并讨论抑制机制。本论文共分为四章。第一章为组蛋白去乙酰化酶sirtuins家族介绍。研究sirtuins家族的现状、SIRT3晶体结构、SIRT3的功能,并介绍现有的SIRT3抑制剂。第二章为计算机辅助药物设计(CADD)介绍。主要介绍计算机辅助药物设计(CADD)方法的成就和发展,然后概述性介绍CADD的理论基础涉及量子力学和分子建模研究,如基于结构的药物设计;基于配体的药物设计;QSAR模型内部和外部验证方法等。了解CADD的原理思路以及方法。第三章为5-((3-酰氨基苄基)氧基)烟酰胺衍生物sirtuins抑制剂的3D-QSAR研究。详细介绍实验思路、步骤。所使用的实验数据、研究方法和研究结果。最后进行讨论。第四章为5-((3-氨基苄基)氧基)烟酰胺衍生物SIRT3抑制剂的虚拟筛选和分子对接。主要介绍虚拟筛选和分子对接的原理机制。随后,详细介绍实验思路、步骤。所使用的实验数据、研究方法和研究结果。
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