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杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是水产养殖中重要的致病菌,感染宿主范围广泛,能够引发二十多种鱼类感染相关疾病,给水产养殖行业造成巨大的经济损失。此外,还能引发两栖类、爬行类甚至哺乳类动物患病。前期研究发现,岩藻糖信号调节FusKR双组分系统,调节Ⅲ型分泌系统(T3SS)等毒力因子的转录、表达,在细菌定植宿主细胞及细菌致病性等方面具有重要作用,但其关键基因fucP在感染过程的作用不明确。因此,本研究通过杀鱼爱德华氏菌野毒株EIB202和缺失株△fucP株侵染小鼠巨噬细胞,通过转录组测序方法并结合相关的生物信息学分析方法,对其转录组差异表达进行分析,明确与免疫相关的信号通路的功能变化和基因fucp在感染过程中的具体作用。转录组分析结果显示:过滤后的reads数(Total Clean Reads),对照组组为24115618,EIB202组为24111407,△fucP组为24114873,一共检测到16085个基因。野毒株EIB202与对照组相比,共筛选出2610个差异表达基因,其中980个上调基因,1630个下调基因;缺失株△fucP与对照组相比,共筛选出2994个差异基因,其中1106个上调基因,1888个下调基因。缺失株△fucP与野毒株EIB202相比,差异表达基因共66个,上调基因有47个,下调基因19个。GO功能分析结果:差异表达基因被注释到三大分类,其中,生物过程类中细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等差异表达基因数量占比较大。细胞组分类,在细胞组分、细胞、细胞器、细胞膜等方面差异表达基因数量较多。分子功能类中,在催化活性、结合过程中差异表达基因数量较多。Pathway分析结果:野毒株EIB202组,2610个差异表达基因富集在44条通路上,其中4条细胞过程有关,3条与环境信息处理有关,4条与遗传信息相关,11条与人类疾病相关,12条与代谢过程相关,10条与有机系统相关。其中,信号转导系统(Signal Transduction)通路、癌症通路(Cancers:Overview)、免疫系统(Immune system)通路中差异表达基因数量较多。缺失株△fucP组,2994个差异基因在通路上的富集结果与野毒株EIB202组基本相同。在野毒株EIB202组和缺失株△fucP组中,上调的差异表达基因数量较多的是结节样受体信号通路和细胞因子受体相互作用通路,下调的差异表达基因数量较多的是恶性肿瘤通路。缺失株△fucP与野毒株202对比发现,66个差异表达基因富集在27条通路上,其中3条细胞过程有关,2条与环境信息处理有关,2条与遗传信息相关,11条与人类疾病相关,5条与代谢过程相关,4条与有机系统相关。其中,富集通路上的结节样受体信号通路(NOD-like receptor signaling pathway)差异表达基因数量最多,并且在肿瘤坏死因子通路(TNF singnaling pathway)、碳代谢通路(carbon metabolism)、氨基酸的生物合成(biosynthesis 0f amino acids)、赖氨酸(lysine metabolism)、丙氨酸、天门冬氨酸的新陈代谢(Alanine,aspartete and glutamate metabolism)、三羧酸循环(citrate cycle)、萜类化合物的生物合成(terpenoid backbone biosynthesis)富集通路中差异表达基因上调。