为探讨不同倍性及亲子代泥鳅基因组DNA的甲基化水平及模式差异,本研究以自然多倍体(二倍体、三倍体和四倍体)及亲子代(四倍体♀×二倍体♂)泥鳅为研究对象,利用正交实验建立了泥鳅甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)方法的反应体系。并利用该方法对其基因组DNA甲基化水平与模式进行了MSAP分析。结果表明:(1)泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化本研究优化并建立最佳泥鳅MSAP反应体系,包括800 ng的泥鳅基因组DNA,用Eco R I,Hpa II和Msp I各10 U,在37℃8 h后即可酶切;最佳的预扩增反应体系是预扩增引物0.8μL、d NTPs 0.2 mmol/L、Mg2+1.5 mmol/L和Taq 1 U;最佳的选择性扩增反应体系是预扩增产物稀释20倍DNA 2μL、引物1.5μL、d NTPs 0.375 mmol/L、Mg2+1.5mmol/L和Taq 1 U。该体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。(2)不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化的水平及模式差异分析。本研究选用自然二倍体、自然三倍体和自然四倍体泥鳅为研究对象,在25对选择性扩增引物组合中选出6对引物,共获得1431个位点。对比分析甲基化水平及模式发现,二倍体、三倍体及四倍体总甲基化率分别是39.98%、33.72%和32.36%。分析这些位点的甲基化模式表明:甲基化模式在三个倍性间类型相同占所检测位点的24.1%,仅两种倍性相同的为60.9%,各不相同的为15.1%。比较泥鳅多倍体间相同的甲基化带型模式,二倍体与三倍体相同的甲基化模式率为38.6%,二倍体与四倍体相同的甲基化模式率为41.8%。表明在染色体加倍的过程中,总甲基化率随着染色体的加倍而降低,三者之间甲基化模式的差异表达并未发生很大变化,但两两之间却存在较大差异,与三倍体相比,四倍体的甲基化模式与二倍体更加接近。(3)亲子代泥鳅基因组DNA甲基化的水平与模式分析以自然四倍体泥鳅为母本、自然二倍体泥鳅为父本及其后代杂交三倍体(1龄)泥鳅为研究对象,在25对选择性扩增引物组合中选出6对引物,对比分析甲基化水平及模式发现,父本、母本及其F1代的CCGG位点中,总甲基化率分别是38.27%,24.21%及27.21%。分析这些位点的甲基化模式表明:杂交过程中甲基化模式进行了大量的调整,包括单态性位点(A型),480个(29.0%);去甲基化类型(B型),285个(17.2%);过或超甲基化类型(C型),628个(37.9%);次甲基化类型(D型),263个(15.9%)。研究表明,在杂交过程中,子代的甲基化水平介于双亲之间,子代存在的特异模式所占比例较低,从亲本到子代的传递过程主要以过或超甲基化为主。综上所述,在泥鳅多倍化与杂交的过程中发生了一定程度的基因组DNA甲基化水平及模式的改变,本文从分子生物学的角度进行系统研究,旨在探索多倍化及杂交过程的表观遗传机理,为我国泥鳅产业的育种提供了科学依据,同时为我国泥鳅的产业化探索高效益的新途径奠定基础。