胡锦涛总书记在庆祝清华大学建校100周年大会上讲话中强调，高校在“积极提升原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新能力”的同时，“积极推动协同创新”。这一讲话精神表明了国家对协同创新的重视，对我国实施科教兴国战略、建设创新型国家，具有重要的指导意义。协同创新不仅对高等学校开展创新活动有重要作用，而且对企业创新，尤其是高新技术企业创新有更重要的现实意义。论文首先在整理已有研究和文献资料的基础上，归纳分析了高新技术企业间协同创新中机会主义行为的相关理论，主要分析了协同创新理论、不完全契约理论和演化博弈的相关理论。其次，研究了我国高新技术企业间协同创新的动因与问题分析。高新技术企业进行协同创新的动因主要有：内部利益驱动、市场竞争驱动和政府政策牵动等。虽然高新技术企业进行协同创新可以为其自身带来较大的市场竞争力，然而由于机会主义行为的存在，导致许多高新技术企业协同创新以失败而告终。然后，在对我国高新技术企业协同创新的机会主义行为进行理论分析的基础上，将协同创新获得的超额收益、采取合作策略的单独创新收益、采取机会主义行为而获得的背叛收益、收益分配系数、成本分担系数和采取机会主义行为的违约成本等更符合现实情况的影响因子引入演化博弈模型，运用演化博弈理论分析了我国高新技术企业协同创新中的契约后机会主义行为，判定影响协同创新成功的关键因素。最后，在对高新技术企业协同创新中机会主义行为进行系统分析的基础上，从企业和政府两个层面提出了机会主义防范与治理机制。从企业层面，应当从完善协同创新伙伴评估选择机制、优化协同创新契约设计、建立完善的契约后监督机制、建立和完善企业声誉信息系统和增强协同创新伙伴间的相互信任等五方面来治理合作创新中的机会主义行为；从政府层面，应当从高新技术企业技术创新环境着手和健全技术创新政策法规支持体系等几方面来治理高新技术企业协同创新中的机会主义行为。