亚隔孢壳科（Didymellaceae）真菌是一类广泛分布于世界各地的重要真菌,以植物病原菌、内生菌、腐生菌等多种形式存在于各种地理生态环境中。该科大多数物种具有植物病理学重要性,是各国家地区的植物进境检疫物种,此外还有作为生物防治剂的潜力。由于目前,该科中有许多未知的物种,因此,为揭示该科中大量的物种,掌握我国西南地区亚隔孢壳科真菌种类,以及对该科生物多样性的认识。本研究采集大量植物的发病叶片,分离纯化其致病病原菌,利用分子系统学和形态特征差异对病原菌的分类地位进行鉴定。本研究从2018年～2020年在我国西南（贵州省,云南省,四川省,广西省等地）的部分地区采集的植物病害标本中分离到57株亚隔孢壳科真菌。通过4个基因（ITS,LSU,rpb2,tub2）的多基因系统发育分析与形态学分析相结合的方法对这些菌株进行鉴定,结果表明:57株亚隔孢壳科真菌隶属于8个属中,分别为,Allophoma（8株）,Ectophoma（8株）,Heterophoma（3株）,Stagonosporopsis（3株）,Boeremia（1株）,Nothophoma（7株）,Epicoccum（11株）,Didymella（16株）,共鉴定出11个种,其中3个新种,分别命名为Allophoma thunbergiae,Stagonosporopsis actinidiae,Heterophoma capsicus;8个已知种,分别为Allophoma pterospermicola,Allophoma tropica,Ectophoma iranica,Ectophoma multirostrata,Nothophoma brennandiae,Epicoccum latusicollum,Epicoccum cedri,Didymella sinensis;明确2个中国新纪录种;需进一步鉴定的3个疑似新种;未定种26个。采用柯赫氏法则对部分菌株进行致病性测定,接种植物后发病,重新分离到相同的病原物,说明分离到的菌株是该植物的病原菌,本研究共分离验证了4个植物病原菌。本研究是应用分子系统学研究方法,首次对中国西南地区亚隔孢壳科真菌进行系统的鉴定分类和修订,结果明确了中国西南地区亚隔孢壳科真菌部分属的系统发育关系及寄主的广泛性,为这一类真菌引起的病害防治提供重要的理论指导。