近年来,高等教育建设成为社会各界广泛讨论的热点问题之一,国家也陆续为之出台一系列扶持政策,专项资金投入规模也持续扩大。在此背景下,资金的用途成为了人们关注的重点,学者们也针对这一课题展开了较为深入、全面的研究,以期能够提高资金使用效率。要想提高高校财政专项资金的使用效率,绩效评价体系的运行以及绩效评价制度的落实尤为关键。从现阶段的情况来看,国内外学者针对高校财政专项资金绩效评价展开了较为深入的分析,也取得了一定的成果,但是从实践情况来看,绝大多数高校的绩效管理水平仍然比较低。针对这一问题,本文在研究中以H高校重点学科建设专项资金绩效评价为研究对象,对重点学科建设专项绩效评价中存在的问题展开了深入的探讨,并有针对性地提出完善重点学科建设专项资金绩效评价的建议。首先,本文对国内外学术界有关这一课题的研究成果进行了系统性的归纳,对高校专项资金、绩效评价等诸多概念进行了较为细致的说明;其次,基于绩效评价战略,综合考虑科学性、全面性、可操作性等原则,结合高等院校财政专项资金的个性特征,通过层次分析法对H高校重点学科财政专项资金进行绩效评价,归纳了其评价过程中存在的问题,并针对这些问题制定了一系列具有较强针对性、可操作性的应对措施,以期能够促进财政专项资金使用效益的增长,为重点学科建设未来发展水平的提升提供了科学的参考。本文通过对H高校重点学科建设专项资金绩效评价实际案例的研究,明确了在针对这一项目实施绩效评价过程中存在的问题,并针对性地提出完善重点学科建设专项资金绩效评价的应对策略,有助于财政专项资金充分发挥出自身应有的作用,同时也能够为其他学者针对这一课题展开研究提供一定的参考。