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鸭圆环病毒(Duck circovirus,DuCV)和鹅圆环病毒(Goose circovirus,GoCV)属于圆环病毒科(Circoviridae)圆环病毒属(Circovirus),二者均可感染相应宿主的免疫器官从而导致机体免疫力下降,增加其他病原的感染几率或加重如禽流感等疫病的临床表现,对水禽养殖业具有潜在的危害,并能造成一定的经济损失。为了解在广东部分地区水禽中圆环病毒的感染情况,明确DuCV的基因型及GoCV与DuCV的序列差异,本研究在建立DuCV实时定量PCR方法的基础上,对广东部分鸭群和鹅群DuCV感染情况进行初步调查,并对DuCV和GoCV全基因组进行核苷酸序列测定及分析,明确DuCV和GoCV的序列之间的差异及相关分子遗传信息。1.DuCV实时定量PCR检测方式的建立及其初步应用在GenBank中登录的部分DuCV全基因组序列分析比对根本上,在其保守区设计并合成一对特异性引物,并将相应的212 bp的目的片段克隆到pMD-18T载体中,获得pMD18DuCV重组质粒,通过SYBR GreenⅠ荧光嵌入法分别对系列稀释的pMD18DuCV重组质粒中的DuCV特异性片段进行扩增,通过pMD18DuCV浓度的对数与Ct值制作了标准曲线并推导出了直线回归方程,二者的相关系数(R~2)为0.9968,创立了DuCV实时定量PCR检测的方式,经过了重复性和敏感性的检验,结果表明,建立的实时定量PCR方式的检验下限为67.2拷贝/μL,且重复性比较好;将建立的DuCV实时荧光定量PCR检测的方法对鸭肝炎病毒(DHV)、大肠杆菌、新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感、小鹅瘟病毒(GPV)核酸或cDNA做了特异性的检测,结果表明特异性良好。初步应用的结果表明,建立的DuCV实时荧光定量PCR的方法检出率为26.4%(62/235),较常规PCR方法检出率15.3%(36/235)高11.1%,明显优于常规PCR检测结果。对来自于54个养殖场235份病料进行实时定量PCR和常规PCR反应,检测到62份DuCV阳性病料,173份阴性病料,DuCV总阳性检出率为26.4%(62/235),鸭群DuCV感染率为38.3%(54/141),鹅群中DuCV的感染率为8.5%(8/94);检测到32份GoCV阳性病料,GoCV总阳性检出率为13.6%(32/235),其中鹅群GoCV感染率为20.2%(19/94),鸭群中GoCV的感染率为9.2%(13/141)。在141群临床鸭群中,番鸭在4-8周龄的阳性率最高,为66.7%(8/12);水鸭的0-4周龄阳性率最高,为50.0%(7/14);白鸭的4周龄以上阳性率最高,为40.0%(6/15);麻鸭的8周龄以上阳性率最高,为46.7%(7/15);泥鸭中8周龄以上阳性率最高,为12.5%(1/8);在94群临床鹅群中0-4周龄的鹅阳性率最高,为30.8%(8/26)。DuCV总阳性养殖场占42.6%(23/54),不同品种养殖场的阳性率11.8%~83.3%。2.水禽圆环病毒全基因组序列测定及分析按照GenBank中登录的部门DuCV和GoCV基因组序列分析比对,在其保守区分别设计并合成两对反向的特异性引物,其中DuCV的目的片段大小分别为1840 bp和635 bp,GoCV的目的片段大小分别为1784 bp和284 bp,经PCR初级判定为阳性毒株的目的片断克隆到pMD-18T载体中,将经菌液PCR判定为阳性的重组质粒进行序列测定,并使用DNAMAN、DNAStar、MEGA6软件对序列进行拼接和分析。将6株DuCV和8株GoCV全基因组序列与GenBank中登录的部门序列进行比对分析,结果显示,测得的DuCV全基因组核苷酸序列之间核苷酸的相似性在82.8%~98.6%之间,GoCV全基因组核苷酸序列之间核苷酸的相似性在91.7%~99.3%之间。遗传进化树分析表明,JM09D-2015株与韩国分离株D11JW002遗传距离最为接近;JM09D-2015株与韩国分离株D11JW002遗传距离最为接近;QY115G-2016与浙江分离株xs1遗传距离最近;DuCV、GoCV与CIAV、StCV、SwCV、RaCV、PiCV、GuCV等均处于不同的分支。