双层股权结构有利于科技型、创新型企业的发起人在企业发展壮大的过程中始终掌控公司的控制权,有利于发起人团队制定符合公司理念的长远发展战略,契合了近年来诸多学者提出的“股东异质化”理论,满足股东“异质化”的需求。但是,双层股权结构容易引起公司监督机制的失灵,产生“内部人控制”的风险。一方面,企业的科技创新往往具有投入大、周期长、风险高、需要多次融资或者增资等特点,发起人的股权经过多轮融资可能会被稀释并丧失对公司的控制,这不利于创新型企业的长远发展;另一方面,在科创企业持续融资过程中,其他中小股东也是科创企业发展过程中公司资本的提供者,然而,其持有的股份所享有的表决权却大多是高度分散的普通表决权,他们在公司治理结构中处于弱势地位。从双层股权结构诞生至今,世界主要资本市场国家,如美国和加拿大都对双层股权结构下中小股东权益保护进行了相关的探索,我国于2018年在上海证券交易所设立的“科创板”正式接纳双层股权的公司架构。然而,有些公司在上市之前可能还处于亏损状态,根据科创板的相关规定,他们又能在未弥补亏损的前提下上市,股东的利润分配权将无法保障。在此情形下,如何保护中小股东的利益成为当前社会重点关注的问题。本文将通过实践案例分析以及法律规范分析的方式,讨论科创板双层股权结构制度中小股东保护的规定在规则制定以及实践中存在的问题,以及对该问题进行完善的思考与建议。本文除了引言和结语外,正文共分为四个部分:第一部分,科创板双层股权结构下中小股东保护概述。通过查阅大量中小股东保护文献,可以发现:其一,科创板双层股权结构下的中小股东是指持有公司外部股权的个人流通股股东,他们不具有特别表决权股份持有资格,并且所持有的股份未超过公司所有发行在外股份的百分之五;其二,尽管学界和社会公众对于中小股东与中小投资者有不同的理解,但是,根据我国学界的主流观点以及官方机构的制度表述,可以认为,在证券市场上,中小投资者即为中小股东,二者并没有明显的界限。第二部分,我国现行科创板双层股权结构制度对中小股东保护的体现。我国科创板上市规则中对中小股东采取了一系列保护措施。就信息披露而言,科创板上市的公司应当在招股说明书中披露通过特别表决权安排的股东大会决议、持有特别表决权的股东名称及持股比例、公司可能面临的风险因素及相关投资者保护措施;就特别表决权持有资格而言,持有人必须对公司发展做出过重大贡献,并且其在公司持续担任重要职位;在权利限制方面,规定了特别表决权与普通表决权的比例限制,并且只能在上市前安排此类结构。通过上述一系列制度保障,可将发展到一定规模并且具有良好公司治理制度的公司筛选出来,这些公司可以更好地在差异化表决权安排当中保护中小股东的利益。第三部分,我国现行科创板双层股权结构下中小股东保护制度检讨。首先,梳理已通过科创板注册申请的五十家科创公司的招股说明书,可以发现,中小股东投资科创板上市公司时面临的两个制度风险:第一个是通过诉讼手段维护自身的权益面临一定的不确定性;第二个是可能面临实际控制人的不当控制。其次,对我国首例“同股不同权”公司——优刻得科技股份有限公司的公司章程进行分析,不难理解,在特别表决权安排的续期上,优刻得的规定不利于中小股东保护,原因在于优刻得未规定定期日落条款,因此建议在上市规则中引入定期日落条款。最后,对照美国、新加坡及我国香港地区的相关制度,我国应当重视律师在证券集团诉讼中的作用,针对不同类型的公司采用不同的监管措施。第四部分,我国科创板双层股权结构下保护中小股东的法律对策。在事前防范方面,针对我国投资者整体素质不高的现状,建议构建完善的投资者教育体系,并加强对投资者的警示;在事中治理方面,建议修改《公司法》有关股权配置以及行使的条款、引进定期“日落条款”、增设企业管治委员会并修改有关监事会的选举规则;在事后救济方面,建议完善中国版集团诉讼制度、重视律师对投资者的保护作用并探索中小股东公益诉讼机制;同时,对滥用特别表决权的司法认定问题做了分析,得出司法实践中判定是否存在特别表决权滥用的标准是:同股不同权之下是否同股不同责,同时还要注意司法是否适宜介入的问题。