中国是一个较为强调行政区划的国家，行政区划在区域的发展过程中起着重要的作用。不同的行政区域在特定的文化地理和语言环境下使得区域创新体系有了很大的发展。但是，当经济发展到一定阶段时，在一些创新活动较为活跃的地区如长江三角洲区域，过分强调行政边界有时会阻碍创新活动的进行。此时，将需要跨行政区域创新体系的构建。跨行政区域创新体系是经济发展到一定阶段后的必然选择。随着经济的不断发展，当传统的行政区划过于强调本地利益而阻碍创新要素的流动、限制创新经济活动效率的时候，创新体系必须跨越传统的行政区域，使得创新活动在一个适合的区域内进行。跨行政区域创新体系是由不同行政区域间多个城市形成的，也可以说是系统的城市群，各个城市之间的联动形成一种系统地互动流通的网络关系。作为一个网络系统，必然存在着发展模式的形成机制。本文提出了跨行政区域创新体系的概念，对跨行政区域创新体系的结构框架进行探讨，初步形成跨行政区域创新体系的理论框架，并以此为框架对我国长三角区域创新体系进行了深入的分析，并就如何建设跨行政区域创新体系提出相应的建议。