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本研究利用微卫星标记技术，分析了黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性，探讨了各品种内遗传变异及群体间的遗传关系，研究结果如下： 1.筛选了到了19个微卫星位点，均在6个品种得到了特异性扩增结果，检测到了177个等位基因，平均每个位点达9.3个，最少为6个，可以较好地用于各品种内及品种间遗传多样性分析。有效等位基因数目总共为76个，有效等位基因数小于实际观察等位基因数，这是各等位基因频率分布不均匀的原因。 2.哈代－温伯格平衡检验结果表明：6个群体基本处于遗传不平衡状态；究其原因有随机交配发生偏移、遗传漂变以及选择等。3.19个微卫星位点均为中度和高度多态位点，平均多态信息含量达0.6859～0.7083，6个品种具有丰富的遗传多样性。6个品种平均位点杂和度在0.3832－0.4277之间，杂和度较低，虽然有较高的多态信息含量，但还存在一定程度的近交，在以后的保种中应防止退化。 4.遗传分化系数表明：BM203、BM023、BMS6526、MAF65四个位点的GST估算值较大，分别为0.04755、0.0491、0.0107、0.0262，BM3033值最小，为0，这意味着前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂和度的4.755％、4.91％、1.07％、2.6％；其它位点GST值不高，这说明遗传变异主要存在于各个品种内，品种间遗传变异不大。 5.聚类结果表明：6个山羊品种并不因为地理分布而各自聚一类，以Nei氏遗传距离为基础的UPGMA法的聚类结果与前人研究结果一致，吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系，此外UPGMA和N-J图中，黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系；以共祖距离为基础的UPGMA和N-J聚类结果，阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近，其它4个品种聚类较为复杂些。但是从4个聚类结果可以看出山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。6.将19个位点分为3、6、9、12、15个梯度，统计4个品种两两之间的遗传距离，5个梯度分别重复30次，得到平均遗传距离，把19个位点时的遗传距离作为标准距离，以标准差、变异系数作为遗传距离估测精度的指标，并进行比较，结果表明：随着微卫星数目增多，遗传距离估测精度也随着升高，t检验15个位点时测得的遗传距离精度与3、6、9、12个位点时的精度呈显著差异，3个位点与6个位点时差异不显著，选用3个与选用6个位点分析遗传距离的效果是一样的。建议以后在分析品种间遗传距离时应使用至少19个以上的位点。