本研究用线粒体基因组中的两种功能不同的蛋白质编码基因（细胞色素b（Cytb）和NADH-泛醌还原酶亚基5（ND5））和16S rRNA以及非编码区（D-loop）作为分子标记,分析了它们在虎亚种中的适用性,并用它们初步分析了华南虎、东北虎和孟加拉虎的相互关系。 通过PCR,本文获得了华南虎、东北虎和孟加拉虎的Cytb基因的572bp片段,ND5基因的309bp的片段、16S rRNA的326bp的片段和D-loop高变区I（HSV I）的约500bp的片段。经过序列分析,发现一只东北虎Pts01的Cytb序列与其他虎的Cytb序列间的遗传距离远远大于其他虎的Cytb序列间的遗传距离。同样,一只孟加拉虎Ptt1的16S rRNA与其他虎的16S rRNA序列间的遗传距离远远大于其他虎的16S rRNA序列间的遗传距离序列,所以把这2段序列排除在分析以外。这样,本文所得到的D-loop在东北虎、华南虎和孟加拉虎中共有57个多态性位点（不记插入和缺失）,占序列总长的11.88%:ND5在东北虎、华南虎和孟加拉虎中有37个多态性位点,占序列总长的11.97%;Cytb在虎亚种中非常保守,在现存的5个虎亚种中有9个多态性位点,占序列总长的1.57%;而16S rRNA特别保守,在华南虎、东北虎和孟加拉虎中共有2个多态性位点,仅占序列总长的0.6%。经过进化树分析,16S rRNA和Cytb所构建的进化树均不能很好地反映各个亚种间的关系,而D-loop和ND5得到的序列稳定,结果一致,能够较好地反映各个亚种间的关系,所以在虎的相互关系研究中我们只用D-loop和ND5。