国家十三五规划纲要中明确提出要支持北京上海建设具有全球影响力的科技创新中心。科技创新中心城市功能的物质载体是以创新驱动发展的高新技术产业，其创新效率不仅取决于内部的创新投入，也极大程度的受外部因素的影响。本文研究了科技创新中心建设背景下的高新技术产业创新效率及影响因素，以期为北京、上海科技创新中心建设提供现实可靠的依据。
　　首先本文梳理科技创新中心、高新技术产业及创新效率相关理论基础并进行概念界定。本文通过对全球科技创新中心发展经验的相关文献的梳理，总结了要素集聚、创新引领和制度环境三个方面的核心特征，提炼出风险投资、高端人才、企业聚集、技术引领、市场引领、非国有经济发展、知识产权保护、企业主体地位、科技开放度及产业税收扶持政策等10个影响因素，通过理论推导总结了各因素对高新技术产业创新效率的影响途径。基于创新过程选择高新技术产业创新效率投入产出指标，利用随机前沿分析方法测算了北京、上海高新技术产业分阶段效率、创新总效率及五个子产业创新总效率。以理论归纳的影响因素和测算出的北京上海创新效率为基础，为评价城市资源集聚能力、创新引领能力及制度环境运用熵值法求得三个总指数，然后构建了总指数与子因素对创新效率影响的实证模型，最后运用最小二乘估计得到实证研究结果。数据跨越年代为2007-2016年。
　　得出以下结论:(1)高新技术产业自身方面，北京上海创新效率逐年提升，但是北京总效率低于上海，北京市技术开发效率高，上海成果转化效率较高;北京上海创新优势产业为电子产业，北京潜力产业为计算机产业，上海为医药制造及医疗设备制造业。(2)资源集聚方面，北京上海资源集聚能力及风险投资、高端人才均对创新效率有正向影响。(3)创新引领方面，创新引领能力及技术输出对北京上海创新效率均表现为显著正向影响，但高新技术市场输出方面仅对上海有影响。(4)制度环境方面，北京上海制度环境与非国有经济的发展、税收减免政策子因素均对高新技术产业创新效率具有推动作用。知识产权保护仅对北京有显著正向影响，科技开放度仅对上海有正向贡献，以企业为主体的科技创新体制均对北京上海高新技术创新效率均无显著影响。
　　针对上述结论，本文提出了一个以高新技术产业创新为中心的科技创新中心建设对策框架，并提出了打造高端产业增长极;加强高端人才政策，完善风险投资体系;加快创新成果对外输出;优化整体制度环境，重点推进市场导向的制度变革等建议。