明清时期是我国传统医学的繁盛时期,但繁盛背后隐藏着极大的隐忧。其中有外部的干扰,如巫术和巫觋依然占据了相当大的医疗市场而对医学与医生造成冲击。但更大的隐忧在于医学与医生自身,许多医家都已有警醒。徐春甫指出“后世之医,不识脉法,又疏于望闻”；张景岳指出“时医治病,但知察标,不知察本”；肖京则认为,医病实多,儒医、世医、名医、时医等皆各有病。吴楚认为“医有十病,但医之为病,止在一心”,医有“心存济人”和“心专利己”之分,医之病的根源在于“利己之心”；徐灵胎则对当时大行简便门户,以一方治天下病之风大为抨击。吴瑭则不遗余力的呼吁医道已大坏。问题已十分严重。医家们在指明问题的同时(即“医之病”),也给出解决问题的办法(即“医医之方”),走上了自医和自救之路。但在明代嘉靖至清代道光年间,医户制和医官制走向消亡,医学考试的局限放大,而律法又在实际运作中大打折扣。政府管理逐渐失控,使得医家只能更大程度上的依靠自身的努力。医家首先是对医疗程序和医德进行规范。医家对延医择医、说症问诊、病案书写等具体的医疗程序都提出了理想中的规范,但在实际的医疗过程中还是存在一定调整,而医德规范则只能寄托于冥报现和业医者的自我道德约束。此外医学组织团体也开始出现并产生了积极意义,医术精湛、医德高尚的良医成为普遍诉求。然而,没有政府支撑的自救措施注定在推行中寸步难行,自医的理路也过于理想,效果不尽人意。中医内部自我调整的不彻底,导致晚清时期中医在面对西医的冲击时迅速溃败。