在我国持续深化“放管服”改革的进程中,更多的权力被下放,更多的行政资源从事前审批转向加强事中事后监管,以推动市场监管方式的创新,为新产业新业态新模式的发展提供服务。市场监管创新的效果如何很大程度上取决于监管中的自由裁量行为。自由裁量行为实质上就是政策空间下的一种选择,选择恰当时,便能促进市场监管目标的实现,打造良好营商环境;但如果选择出现偏差,消极作为或滥用职权,则会带来负面影响。因此,把握自由裁量行为的尺度,对于提升市场监管效能,实现政府、市场与社会的良性互动意义重大。制度逻辑理论认为正式制度与非正式制度构成的整体环境形塑了地方政府的行为,公共选择理论则从经济人假设出发解释政府失灵原因。本文首先基于理论,从法律局限、监管工作特性、监管人员特征和社会公平的共同作用来解释自由裁量行为存在的必要性。然后以苏州自贸片区的实践为研究对象,通过文献资料梳理与调研访谈整理,探究医药监管创新中自由裁量行为的具体表现、已有成效以及存在困境,并从政策执行的视角分析自由裁量行为的影响因素与优化路径。聚焦苏州自贸片区医药监管实践,研究发现其自由裁量行为由弱到强具体表现为:细化标准、解读政策、灵活适用、创设规则,这一定程度上创造了包容的环境、满足了企业需求,但也存在监管人员消极作为、滥用职权、规则依赖、选择性公开信息的困境。进而,文章参考政策网络理论,构建结构-行动者的分析框架,深入探究发现自由裁量行为的强弱程度与执行偏差受到正式制度（监管流程与资源、配套法律法规）、非正式制度（工作环境）、结构（职责关系）与行动者（监管人员认知）多因素的影响。最后,通过差异化比较国内外规范自由裁量行为的典型经验,研究提出再造组织流程、强化制度约束、提升主体素质技能、建立平台防范风险、完善监督问责机制、加强司法审查为主的六条路径,进一步优化规范自由裁量行为,以更有效作用于市场监管创新,切实加快政府职能转变。