学院与学系是大学的基本构成要素,承担着大学的教学与管理等任务,对大学的存在与发展有着重要的支撑与建设性作用,所以研究大学院系的结构变迁,分析院系结构变迁的逻辑线索对大学的发展有重要意义与作用。本研究以新制度主义为理论基础,结合组织变迁理论的内容,依托同济大学为案例进行研究。将同济大学自1907年建校之初到2009年的院系发展过程进行了详细的梳理。主要思路以院系结构变迁的两次“事件史”为节点,将同济大学院系结构变迁分为三个阶段。这三个阶段分别是：第一阶段：1907年创立之初到20世纪50年代的院系调整时期；第二阶段：第一次院系调整之后到20世纪90年代的院系合并时期；第三阶段：院系合并之后的院系结构变迁阶段。通过对三个阶段院系结构变迁的过程进行梳理,对不同时期的院系结构变迁特征进行分析,并结合新制度主义与组织变迁理论的内容,对各个阶段的院系结构变迁方式与特征进行概括。研究发现院系变迁的逻辑线索为：院系结构的变迁与政府对大学的控制有直接的关系。在组织创立之始,较少受政府的控制,所以大学的发展自主性强,院系的增设主要以社会需要为导向。一旦政府介入大学的管理之后,以院系调整为例,大学的院系发展反而会受限制。政府对大学再次减少控制之后,大学院系的自主发展能力反而会进一步加强。通过对院系结构变迁的过程分析,构建了院系结构变迁的三个理论模型：即强制性变迁模型与诱致性变迁模型、中间扩散型变迁模型和互动合作型变迁模型。这三个模型可以充分解释院系结构的变迁过程,其中强制性变迁与诱致性变迁主要发生在改革开放以前,改革开放以后,院系结构变迁则以中间扩散型和互动合作型变迁为主。通过模型分析,可得出影响院系结构变迁的因素主要有两个方面：外部因素和内部因素。这两方面因素相互作用,共同推动大学院系结构的发展。以此为依据,可以预测未来大学院系结构发展的趋势主要有两个：一是越来越综合的趋势；另一个是越来越分化的趋势。这两种趋势都是由大学自主所发展引起的,并不代表政府意愿。