混沌学研究包括数学、物理学、生物学、气象学、工程学和经济学等众多学科。在生物序列的研究中，有一些学者将混沌学理论引入生物序列的分析研究，即所谓的混沌游戏图形表示（CGR），基于一个迭代函数将DNA序列的子串映射为空间的点，通过可视化的方法分析基因组的结构，得到了很多有意义的结果。　　本文的主要工作是将DNA的CGR图形表示推广到蛋白质的序列分析。基于20种氨基酸的分类和新的迭代函数，本文提出了一个新的广义CGR蛋白图形表示。进一步地，本文提出了一个新的数值刻画比较蛋白质序列之间相似性。利用这种方法，本文分别比较了16个物种ND5蛋白、29种spike蛋白以及8个物种ND6蛋白序列并构建了它们的进化树。结果显示，本文构建的进化树与生物学中的物种进化关系完全相符。另一方面，本文利用相关系数将本文方法的结果与其他文献中所做的结果均与传统的对序列比对算法的结果比较，结果说明本文方法的在蛋白序列的进化分析研究中是有效的、可行的。　　此外，本文将提出的广义CGR的蛋白图形表示应用到蛋白家族的结构类分析。利用本文的图形表示构造四个蛋白结构类Allα，Allβ，α/β，α+β中的8个蛋白质家族的图形表示，利用统计方法分析立方体8个子区域内点的频率，构造每个蛋白家族的数值特征。结果显示我们的方法不仅能有效地区分不同的蛋白结构类，而且能很明显的分辨出每个蛋白家族的结构特征。　　由于迭代函数中参数的不同会对CGR方法得到的图形产生影响，本文选取不同的参数，对TBP-like蛋白家族的3维CGR图形进行分析，结果表明当迭代函数的参数α值越小，图形中分形块的分散程度越大。