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鸭病毒性肝炎是雏鸭一种急性和高度致死性传染病，主要感染1～3周龄雏鸭，死亡率高达90%以上。目前该病已成为影响世界水禽养殖业的重要疫病之一。DHAV可分为基因A型、B型和C型，相当于历史上所称的DHV-1、2007年发现于台湾的DHV“台湾新型”和2007发现于韩国的DHV“韩国新型”。由于这三个基因型病毒之间的交叉保护力很差，所以将这三个基因型分别对应于三个血清型，即DHAV-1型、DHAV-2型和DHAV-3型。本研究主要分为三部分：第一部分14株DHAV-3的病毒分离和PT-PCR鉴定采集2012年来自山东省济南、潍坊、烟台三个不同地区的50份病死鸭肝组织。病料研磨处理后，分别经尿囊腔接种11日龄鸭胚，收获45份死亡鸭胚尿囊液。收获的每份尿囊液分别经腿部肌肉注射接种2～3日龄的健康雏鸭5只，0.2mL/只。结果接种24小时后雏鸭开始出现死亡，病死鸭均呈现典型的鸭甲肝病毒性肝炎的临床症状和病理变化。根据已公布的DHAV-3的核酸序列设计引物对分离病毒进行RT-PCR扩增，结果表明自山东省分离到14株DHAV-3。第二部分鸭甲肝病毒3型山东分离株VP1基因的序列分析本研究对2011-2012年从山东省分离到的14株DHAV-3的VP1基因分别进行RT-PCR扩增、序列测定与分析。结果显示，14株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成，共编码240个氨基酸，核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中已经公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸的同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。进化树分析显示，DHAV-3的VP1基因具有明显的地域特征。所有毒株据此分为两个基因型：GⅠ型和GⅡ型，其中GⅡ型又分为S1和S2两个亚型。所有中国分离野毒株均属于GⅠ型，越南分离野毒株主要属于GⅡ型S1亚型，而所有韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型。第三部分SD1101株DHAV-3的病毒的全基因组测序及序列分析根据已发表的DHAV-3型的病毒的全基因组序列设计特异性的引物，采用RT-PCR法对SD1101株DHAV-3的基因组全序列进行了分子克隆与测序，研究结果表明，SD1101株的基因组结构为5’UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3’UTR，符合小核糖核酸病毒科基因组的基本结构。基因组全长为7794个核苷酸残基，包括652个核苷酸残基的5′端非编码区，6756个核苷酸残基的开放型阅读框和386个核苷残基的3′非编码区，不含poly （A）尾巴的SD1101株病毒的基因组全长为7774nt。将SD1101株病毒株与GenBank公布的其他DHAV-3全基因序列进行序列分析表明：SD1101株的全基因组核苷酸序列与其他株的同源性在93.3%～98.7%之间，Polyprotein氨基酸序列的同源性在96.6%～99.2%之间。