随着全球经济格局的重构,中国为了适应新的经济形势开始发展自贸区,目前已经成立了上海、广东、天津、福建四个自贸区。上海自贸区的设立和全国人大常委会授权废法,引发了自贸区法律适用方面的一系列问题,如适用依据的确定、适用机构的设置等需要解决的基本问题。自贸区国家立法缺位是受我国改革开放以来摸着石头过河方法的惯性引导,是符合我国国情的,但不可否认,自贸区基本法的缺位和机构建设的不健全也为我国自贸区法律适用带来立法、管理体制、审判机构方面的难题。本文以制度法律化和机构建设为视角结合他国自贸区的成功经验寻求解决难题的途径。自贸区必须正确处理好地方法、国家法与国际法三者的关系,既要尊重《立法法》的基本原理,又要在不与上位法抵触的前提下充分发挥地方立法的作用。从我国国家到地方的立法实践来看,我国各自贸区的运行已经有了比较全面的法律依据和保障,但是离建立统一适用的基本法还有一段距离。因此,更适宜采取稳步推进的边试边完善的策略来为将来基本法的建立积累经验。主要是推进自贸区海关监管制度、税收制度、金融与投资鼓励制度的法律化。自贸区审判机构的设置与运行要探索分步骤、差异化的发展,为自贸区提供更专业的司法保障。自贸区法律适用的问题关涉法治中国建设进程中国家法治统一性与区域法治特色性的重大法治课题,需加强研究。本文在分析我国自贸区法律适用实践中的问题的基础上,探索解决路径,提出了改善建议。